A Área Protegida para a Gestão de Habitats ou Espécies da Tronqueira e Planalto dos Graminhais tem uma área de 5373,30 ha e localiza-se no extremo este da ilha de São Miguel, o setor mais antigo da ilha.
Apresenta uma morfologia acidentada e erodida com ravinas profundamente encaixadas na paisagem, onde correm ribeiras de regime torrencial ou permanentes, destacando-se a Ribeira do Guilherme.
Nesta área protegida evidencia-se o Planalto dos Graminhais, que se desenvolve entre os 900 e os 950 m de altitude, ao longo do bordo norte do Vulcão da Povoação.
Ao nível dos habitats destaca-se a presença da floresta Laurissilva na zona da Tronqueira e de turfeiras florestadas na zona dos Graminhais.
Em termos florísticos, a floresta Laurissilva é assim designada pelo predomínio de espécies laurifólias, isto é, espécies arbóreas, perenifólias, de folhas grandes, glabras ou subglabras e coriáceas. Evidenciam-se o Louro (Laurus azorica), Cedro-do-mato (Juniperus brevifolia), Gingeira-brava (Prunus azorica) Faia-da-terra (Morella faya), Urze (Erica azorica), Uva-da-serra (Vaccinium cylindraceum), Folhado (Viburnum treleasei), Tamujo (Myrsine retusa) e Pau-branco (Picconia azorica).
A turfeira florestada, por apresentar condições edáficas particulares, nomeadamente o pH baixo e encharcamento ao longo do ano, tem uma composição florística diferente, com particular relevo para o Bracel-do-mato (Festuca francoi), Erva-caniça (Holcus rigidus), Junco (Juncus effusus), Polytrichum commune e o Musgão (Sphagnum sp.). A componente florestada é representada por Urze (Erica azorica), Uva-da-serra (Vaccinium cylindraceum) e Cedro-do-mato (Juniperus brevifolia).
No que se refere à fauna, o destaque vai para a presença do Priôlo (Pyrrhula murina), um passeriforme endémico dos Açores, outrora comum por toda a ilha de São Miguel, mas que devido à redução drástica da área da floresta Laurissilva, da atribuição de prémios de caça atribuídos no passado para a sua captura e ao prejuízo que causavam na produção da laranja, viram o seu efetivo populacional reduzido a cerca de 100 indivíduos, numa distribuição restrita a esta área. Atualmente, devido aos resultados positivos de dois projetos LIFE (LIFE Priolo e LIFE Laurissilva Sustentável), que tiveram como objetivo a restauração de habitat natural, a sua população está estimada em cerca de 800 casais.
Esta zona tem sido alvo de ações de conservação desde 2003. Estas ações incluíram a restauração ecológica de mais de 250 hectares de floresta Laurissilva, com eliminação da flora invasora e reflorestação com espécies nativas dos Açores, e quase 100 hectares de turfeira no Planalto dos Graminhais, com encerramento de drenagens e recuperação do fluxo hidrológico normal, eliminação de exóticas e construção de passadiços para evitar os efeitos negativos do pisoteio nos percursos pedestres. Estas áreas de intervenção podem ser observadas ao longo da estrada da Tronqueira e dos percursos pedestres ao Pico da Vara, permitindo a compreensão destes trabalhos e funcionando como um laboratório vivo de conservação da biodiversidade açoriana.
A Área Protegida para a Gestão de Habitats e Espécies da Tronqueira e Planalto dos Graminhais inclui os objetivos e os limites territoriais definidos pela Zona de Proteção Especial Pico da Vara/Ribeira do Guilherme, no âmbito da Rede Natura 2000, encontra-se classificada como Área Importante para Aves - IBA, pela Bird Life International e faz parte integrante do projeto Biótopo CORINE.
Esta área é atravessada por dois trilhos homologados que dão acesso ao cume do Pico da Vara, nomeadamente o PR7SMI - Algarvia Pico da Vara e o PR23SMI Povoação Pico da Vara, os quais permitem uma visão abrangente sobre toda a área classificada bem como sobre a Reserva Natural do Pico da Vara.
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