A sua classificação teve por base toda a singularidade geomorfológica e hidrológica da Caldeira das Furnas, onde se destacam, a lagoa e as manifestações de vulcanismo secundário, tais como, campos fumarólicos e nascentes de águas termais. Esta paisagem é ainda marcada pelos parques ajardinados, aos quais se associam importantes traços socioculturais e patrimoniais. No seu todo a área protegida integra 3150 ha, incluindo a lagoa e a zona nuclear da freguesia das Furnas.

Geologicamente, o Vulcão das Furnas é um dos três vulcões ativos da ilha de São Miguel e constitui um dos principais locais de interesse geológico dos Açores. Corresponde a um estratovulcão com caldeira de colapso, estratigraficamente caracterizado pela alternância de escoadas lávicas, predominantemente traquíticas, e de materiais piroclásticos, como cinzas e pedra-pomes.

Atualmente, nas comunidades vegetais dominantes verifica-se um grande número de espécies exóticas, algumas de caráter invasor como o Incenso (Pittosporum undulatum) e a Acácia (Acacia melanoxylon), entre outras como a Conteira (Hedychium gardnerianum) e o Gigante (Gunnera tinctoria).

O projeto de recuperação da Lagoa das Furnas, tem reintroduzido largos milhares de plantas endémicas e nativas de várias espécies, que rareavam ou se encontravam extintas na paisagem da bacia hidrográfica da Lagoa das Furnas, tais como o Pau-branco (Picconia azorica), o Cedro-do-mato (Juniperus brevifolia), a Ginjeira-brava (Prunus azorica) e o Sanguinho (Frangula azorica).

As margens da Lagoa das Furnas possuem uma grande riqueza de briófitos evidenciando-se as espécies de hepáticas folhosas (Radula nudicaulis, Aphanolejeunea sintenisii e Telaranea europaea), o musgo acrocárpico (Alophosia azorica), entre outros. As margens da ribeira do Rosal, junto à cascata desta mesma ribeira, são um dos locais ricos nestas espécies. Atualmente, é possível visitar esta cascata e observar esta diversidade de líquenes e briófitos, percorrendo um pequeno trilho não oficial de fácil acesso.

  

Relativamente à avifauna, a Lagoa das Furnas constitui um excelente local para observar a Garça-real (Ardea cinerea), espécie migratória que pode ser avistada durante todo o ano. Podem também ser observadas outras espécies, como patos e limícolas que aproveitam as margens da lagoa para descansar no decurso das suas rotas migratórias. A área florestada à volta da lagoa funciona com fonte de alimento para alguns, ou abrigo para outros, o que permite também a observação das várias subespécies endémicas da região: Tentilhão (Fringilla coelebs moreletti); Melro-negro (Turdus merula azorensis); Estrelinha (Regulus regulus azoricus); Pombo-torcaz-dos-Açores (Columba palumbus azorica) e o Milhafre (Buteo buteo rothschildi). A lagoa serve também de refúgio para algumas espécies marinhas como Garajaus (Sterna hirundo e Sterna dougallii) e Gaivotas (Larus michahellis atlantis).

A zona envolvente da Lagoa das Furnas caracteriza-se ainda por uma elevada riqueza em espécies de invertebrados como moluscos e insetos, tendo sido registados cerca de 50 espécies de moluscos, dos quais 19 endémicos e cerca de 12 espécies endémicas de insetos. Pode também ser observado o Morcego-dos-Açores (Nyctalus azoreum), único mamífero endémico do arquipélago.

Relativamente à fauna aquática, existem na Lagoa das Furnas as seguintes espécies: Ruivo (Rutillus rutillus); Carpa (Cyprinus carpio); Lúcio (Esox lucius); Perca (Perca fluviatilis) e o Sandre (Sander lucioperca). As duas primeiras espécies são de pesca livre, as três últimas carecem de uma licença de pesca para águas interiores, a ser emitida nas lojas do cidadão (Ponta Delgada ou Furnas).

O Complexo Vulcânico das Furnas está classificado como sítio Ramsar desde 2008, ao abrigo da Convenção sobre as Zonas Húmidas. Para além de ser um importante ponto de passagem para aves migratórias, é também detentor de zonas húmidas do tipo geotérmico.

A Lagoa das Furnas está ainda classificada como massa de água protegida através do Plano de Ordenamento da Bacia Hidrográfica da Lagoa das Furnas (POBHLF), que tem como principal objetivo controlar a eutrofização, compatibilizando os usos e as atividades humanas com a proteção e valorização ambiental da bacia hidrográfica e assim melhorar a qualidade da água. Para a implementação do POBHLF foram adquiridas largas extensões de pastagem e alguma floresta. Nestas áreas foram eliminadas as fontes de contaminação da lagoa (fertilizantes e estrumes) e decorre um ambicioso projeto de recuperação ecológica, que dará origem a uma paisagem florestal multifuncional, em que o turismo de natureza é uma das pedras basilares.

Localizado nas margens da Lagoa das Furnas, existe o Centro de Monitorização e Investigação das Furnas (CMIF), criado para divulgar as ações de recuperação ecológica da respetiva lagoa. Existem 2 trilhos pedestres homologados na Área de Paisagem Protegida das Furnas: PRC6 SMI Furnas e PR22 SMI Pico do Ferro - Caldeiras da Lagoa das Furnas. Cada um deles atravessa zonas de beleza excecional, interligando quase todos os recantos, lagoa, núcleo da freguesia, costa e montanha.

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