Em 2005, e de modo a dar cumprimento ao estipulado no Regime Jurídico dos Instrumentos de Gestão Territorial e respectiva adaptação à Região, foi iniciada pela Secretaria Regional do Ambiente e do Mar, através da Direcção Regional do Ordenamento do Território e dos Recursos Hídricos, a produção de um novo Relatório do Estado do Ordenamento do Território da Região Autónoma dos Açores, desta vez reportando à situação e evolução até ao final do ano de 2003 (REOTA 2003).

À semelhança do REOTA 2001, este relatório teve como principais objectivos: dar cumprimento à legislação nacional e regional; dotar a administração regional e local de informação para apoio à caracterização e diagnóstico e à tomada de decisão ao nível do ordenamento do território; estabelecer o quadro actual de disfunções e patologias territoriais; e propor linhas estratégicas de orientação para a política de ambiente e ordenamento do território, baseadas na cooperação a dois níveis de decisão, transformação e impacte territorial: o regional e o municipal.

Em 2003, a lista de indicadores manteve-se distribuída sob a forma dos sectores ambiental, social, institucional, económico, infraestruturas do território, dinâmicas territoriais e gestão territorial. No entanto, a impossibilidade de obter informação para alguns indicadores que, já em 2001, não haviam apresentado nenhum tipo de dados, levou à sua eliminação.

O REOTA 2003 foi aprovado pelo Conselho Regional de Desenvolvimento Sustentável em Dezembro de 2005, tendo posteriormente sido preparada uma publicação dos estudos elaborados com o objectivo de os divulgar, dada a sua importância enquanto instrumento de trabalho para os diversos departamentos públicos e outras instituições com interesse no ordenamento do território.