A desinfecção da água assegura a protecção contra o risco de contrair doenças infecciosas de origem hídrica, sendo este um objectivo prioritário e indispensável.
A actuação do desefinectante, que poderá ser através de processos físicos (ebulição e aplicação de radiações ultravioletas) e químicos (aplicação de cloro, dióxido de cloro, mococloramina e ozono), verifica-se sobre os microorganismos patogêncios presentes na água, não sendo nocisivo para o Homem em dosagens controladas.