Esta Diretiva, mais conhecida como Diretiva Habitats, tem como principal objetivo contribuir para assegurar a Biodiversidade através da conservação dos habitats naturais (anexo I) e de espécies da flora e da fauna selvagens (anexo II) considerados ameaçados no território da União Europeia.
Cada Estado Membro deverá elaborar uma Lista Nacional de Sítios a ser apresentada à Comissão com base em critérios específicos (anexo III). Seguidamente, a partir das várias Listas Nacionais e através de um processo de análise e discussão entre os Estados Membros e a Comissão, serão selecionados os Sítios de Importância Comunitária (SIC), por Região Biogeográfica. Após seis anos, cada Estado Membro deverá designar estes Sítios como Zonas Especiais de Conservação (ZEC) que serão posteriormente integradas na Rede Natura 2000.
Relativamente às áreas selecionadas como ZEC, cada Estado Membro terá de elaborar os respetivos planos e regulamentos de gestão, no sentido de assegurar a manutenção e estado de conservação favorável dos valores naturais identificados.
O Decreto-Lei n.º 140/99, de 24 de Abril, revê a transposição para a ordem jurídica interna da Diretiva.