O Parque Natural da Ilha das Flores foi criado pelo Decreto Legislativo Regional n.º 8/2011/A, de 23 de março, e instituiu 9 categorias de áreas protegidas:

    - [FLO01] Reserva Natural do Ilhéu de Maria Vaz

    - [FLO02] Reserva Natural do Morro Alto e Pico da Sé

    - [FLO03] Reserva Natural das Caldeiras Funda e Rasa

    - [FLO04] Monumento Natural da Rocha dos Bordões

    - [FLO05] Área Protegida para a Gestão de Habitats ou Espécies da Costa Nordeste

    - [FLO06] Área Protegida para a Gestão de Habitats ou Espécies da Ponta da Caveira

    - [FLO07] Área Protegida para a Gestão de Habitats ou Espécies da Costa Sul e Sudoeste

    - [FLO08] Área de Paisagem Protegida da Zona Central e Falésias da Costa Oeste

    - [FLO09] Área Protegida de Gestão de Recursos da Costa Norte

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