Já desde os tempos de Charles Darwin (naturalista britânico autor da obra “Origem das Espécies”, publicada em 1859, onde formula a teoria da evolução dos seres vivos mediante uma seleção natural, e que passou pelos Açores a bordo do “HMS Beagle” em Setembro de 1836), as ilhas oceânicas são reconhecidas como verdadeiros laboratórios biológicos naturais. O seu isolamento facilita a observação e estudo de muitos processos ecológicos e evolutivos, caso do Arquipélago dos Açores.
A especiação é um processo evolutivo a partir do qual se formam as espécies de seres vivos, constituindo a base da diversidade das formas de vida na Terra. São necessárias centenas de gerações para que um processo de especiação se complete. Destaca-se a especiação alopátrica e a simpátrica. Na alopatria, por exemplo, um grupo de indivíduos fica isolado em ilhas, separando-se reprodutivamente dos restantes indivíduos da população inicial continental. Estão criadas as condições para o começo de um processo de diferenciação genotípica (a nível do seu código genético) e fenotípica (a nível da sua fisiologia/morfologia). Passados inúmeros anos, mesmo que o fator de separação desapareça, o grupo das ilhas terá evoluído de tal forma que, possivelmente, não serão capazes de se reproduzir entre si. Na especiação simpátrica os grupos de indivíduos da mesma população divergem na mesma área geográfica.
As espécies que ocorrem apenas num determinado local, designadamente ilhas, são designadas de endémicas. Os neo-endemismos são espécies formadas por processos de especiação logo após a colonização, tendo origem nos propágulos que chegaram às ilhas. As espécies que somente existem em determinadas ilhas devido à extinção das suas populações continentais adjacentes chamam-se de paleo-endemismos. Nos Açores, enquanto ilhas vulcânicas oceânicas recentes, os neo-endemismos são mais comuns, no entanto, entre os paleo-endemismos realça-se as espécies endémicas de plantas vasculares consideradas relíquias das florestas primitivas extintas durante as últimas glaciações na Europa.
Designadamente, a flora (conjunto de plantas de um determinada região) açoriana encontra-se sujeita a um fortíssimo isolamento em relação aos continentes adjacentes. Estudos realizados sobre a sua origem indicam a existência de três principais linhas biogeográficas (biogeografia é a ciência que estuda a distribuição geográfica dos seres vivos no espaço e ao longo do tempo), a que correspondem três períodos distintos de colonização: a saharo-índica, a mediterrânica terciária e a euro-siberiana-atlântica. A primeira corresponde a espécies inicialmente oriundas do continente africano, sendo exemplos os neo-endemismos tamujo (Myrsine retusa, antes designado Myrsine africana) e as dendróides (plantas que apresentam ramificação semelhante à das árvores) azorina (Azorina vidalii) e dragoeiro (Dracaena draco), com tendências para condições de maior secura. A linha mediterrânica terciária abrange espécies com origem nas florestas húmidas temperadas do sul do continente Europeu do Terciário, desaparecidas na sua quase totalidade durante as, já referidas, glaciações. As espécies ancestrais terão chegado aos Açores no sistema digestivo de aves, sendo exemplos o louro (Laurus azorica), o sanguinho (Frangula azorica) e o feto-do-cabelinho (Culcita macrocarpa). A linha euro-siberiano-atlântico é relativa às colonizações mais recentes, com origem nas regiões atlânticas do Norte da Europa. Espécies com sementes de reduzida dimensão, vindas nas penas das aves migratórias do Norte da Europa, encontrando-se nos Açores preferencialmente em zonas de maior altitude, nomeadamente, os atuais conchelo-do-mato (Platanthera micrantha) e queiró (Daboecia azorica).
Os Açores apresentam uma diversidade de espécies e subespécies endémicas terrestres de cerca de 420 no seu total, que constitui um património genético único de elevado valor. A biodiversidade é a base para a existência de solos férteis e das atividades agrícolas e florestais.