António Feliciano de Castilho, eminente poeta e homem de cultura, fomentou em Ponta Delgada, a partir de 1847, a criação da Sociedade dos Amigos das Letras e das Artes, através da qual se leccionaram aulas de Línguas, Música, Belas Artes e se promoveu melhoramentos nas Artes gráficas e no Teatro, tendo sido organizadas duas grandes exposições de “Artes e Indústrias”. Esta associação cultural possuía um gabinete de numismática, uma galeria de estampas, uma coleção de gravuras e uma biblioteca, constituindo o primeiro embrião em S. Miguel do gosto pelo colecionismo, ao serviço da comunidade.

Só em 1912 é que o Dr. Luís Bernardo Leite Athayde foi convidado a organizar e dirigir a Secção de Arte do “Museu Açoreano” e orientar a Secção de Etnografia, tendo promovido a partir desta data, a realização de memoráveis exposições de pintura, com artistas nacionais e locais, tendo as aquisições e ofertas constituído o primeiro núcleo de Pintura deste Museu. Para tal fim, contaram com subsídios da Câmara Municipal, da Junta Geral do Distrito e ainda com a generosidade de alguns particulares, nomeadamente do Marquês de Jácome Corrêa.

Nessa altura, o espólio encontrava-se repartido pelo antigo Convento de Nossa Senhora da Graça, onde estava instalado o Liceu, e pelo edifício da Alameda de D. Pedro IV (Relvão), onde foram expostas as coleções de Pintura, Botânica, Mineralogia, Geologia e Biblioteca. Deste primeiro núcleo de pintura, destacam-se alguns artistas, como Carlos Reis, Veloso Salgado, Ezequiel Pereira, António Saúde, bem como Ernesto Condeixa, que registou a visita Régia de D. Carlos e D. Amélia a S. Miguel, em 1901, e ainda Domingos Rebelo, com a sua obra essencialmente de carácter regionalista.

É dentro do espírito do “Movimento Regionalista” que se começam a reunir as primeiras coleções etnográficas, ligadas ao desejo de preservação da cultura popular, preconizada pelo Professor José Leite de Vasconcelos e concretizada no Museu Carlos Machado, primeiramente, pelo Dr. Luís Bernardo Athayde, e, mais tarde, pelo Dr. Alfredo Bensaúde e Dr. Armando Côrtes-Rodrigues.

Em 1928, foi apresentado à Junta Geral a proposta de aquisição do Convento de Santo André, para nele serem reunidas todas as coleções.