Instalações:

A sede do Museu das Flores fica no Convento de São Boaventura e tem como responsabilidade a gestão da Fábrica da Baleia do Boqueirão.

A fábrica foi mandada construir pela firma Francisco Marcelino dos Reis para aproveitamento do óleo de cachalote e produção de guanos. Os trabalhos decorreram entre 1941 e 1944. Esteve na posse de vários proprietários e encerrou a actividade em 1981.

O Convento de São Boaventura tem a sua origem numa escritura de doação do padre Inácio Coelho, irmão de Frei Diogo das Chagas, datada de 1641. Os franciscanos aí permaneceram até ao advento do liberalismo. António Vicente Peixoto Pimentel comprou o convento, em 1873, para doá-lo à Santa Casa da Misericórdia de Santa Cruz das Flores, com o fim de nele ser instalado um hospital para servir os povos das Flores e do Corvo. O edifício manteve essas funções até aos finais dos anos sessenta do último século. Nessa altura foi adaptado a escola e no ano de 1993, depois de profundas obras de restauro, reabriu ao serviço do Museu das Flores.

Tem uma fachada apalaçada em que predomina a horizontalidade. Caracteriza-se por uma acentuada angulosidade e intensa planimetria dos seus elementos compositivos.

A igreja é um edifício relativamente amplo e alto, de planta rectangular, sem transepto e nave única, cilíndrica, de madeira pintada. Os retábulos são em madeira de cedro dourada. No tecto predomina uma decoração vegetalista e floral, que cabe perfeitamente na classificação de brutesco.