Características
A Reserva da Biosfera das Flores está centralizada na ilha das Flores (Grupo
Ocidental do arquipélago, Figura 2), a sexta ilha do Arquipélago em superfície, com 143km2 (cerca de 17 x 12,5 km) e altitude máxima de 915 metros no Morro Alto, na parte central da ilha.
A ilha apresenta um relevo vigoroso, com uma estrutura planáltica em dois
degraus, de onde se projectam vários aparelhos vulcânicos. Nas zonas aplanadas envolventes destes cones, ocorre um grupo de caldeiras ou lagoas, antigas crateras de afundamento, rasas ou fundas, com água acumulada na sua parte inferior.
O litoral da ilha apresenta arribas altas e exibe um vigoroso recorte, complementado por inúmeros ilhéus e penedos localizados na proximidade da costa. As dificuldades de acesso preservaram ao longo dos séculos a importância destes locais como áreas de nidificação de espécies importantes de aves marinhas. Na base das arribas ocorrem aglomerações detríticas denominadas fajãs. O conjunto da Fajãzinha e Fajã Grande, com a imponente escarpa que o delimita do lado Oriental, marcada por grandes quedas de água, nomeadamente a da Ribeira Grande que se despenha num salto de cerca de 300 metros, constitui um dos trechos mais impressionantes e emblemáticos do contrastante litoral florentino.
A Rocha dos Bordões, com a sua rara estrutura prismática de grandes dimensões, é um emblema paisagístico da ilha e do arquipélago, classificado como Monumento Natural.
Na ilha das Flores existem áreas de importância internacional por servirem de local de nidificação a importantes espécies de aves.

Ecossistema
As zonas altas e húmidas do Planalto Central contêm a maior turfeira da região, vital para o equilíbrio hídrico da ilha e para as características ribeiras e cascatas que a definem paisagisticamente. As turfeiras altas activas e as turfeiras arborizadas são habitats prioritários (Directiva Habitats), estando estas últimas associadas à maior floresta de cedro-do-mato (Juniperus brevifolia) dos Açores. Dois outros tipos de habitat prioritário, as charnecas macaronésias endémicas e a floresta de laurisilva, estão também bem representados, rodeando ambientes de água doce lênticos (lagoas de várias dimensões, incluindo a Lagoa Negra, a mais profunda da Região) e lóticos (ribeiras permanentes e temporárias). Estes habitats, pela sua localização geográfica no Atlântico, são ainda importantes como áreas de descanso e alimentação de aves migradoras
Espécies
A ilha das Flores apresenta uma elevada concentração de espécies endémicas.
No global, a ilha das Flores apresenta 195 endemismos açorianos. Esta riqueza é
particularmente notória ao nível dos invertebrados e da vegetação terrestres.
Ocorrem nas Flores pelo menos 73 das 77 espécies e subespécies de plantas
endémicas dos Açores, sendo uma delas endémica dessa ilha e outras duas conhecidas apenas das ilhas do Grupo Ocidental.
Dos vertebrados endémicos dos Açores, 1 peixe marinho, 9 aves e um morcego, 9 espécies e 1 sub-espécie de artrópodes apenas são conhecidas da ilha das Flores, colocando-a na terceira posição a nível regional. A nível dos moluscos, 2 das onze espécies presentes nas Flores apenas são conhecidas nesta ilha e na do Corvo.