A Inspeção Regional de Educação tem como missão assegurar o controlo estratégico do sistema educativo da Região, compreendendo o controlo da legalidade e auditoria administrativa, financeira e de gestão, bem como a avaliação de atividades e programas, de estabelecimentos de educação e de ensino e dos órgãos, entidades, serviços e organismos do sistema de ensino regional e também a de prestar apoio técnico especializado.
 
A IRE tem assim um vasto âmbito de atuação, que não se cinge à conformidade legal, cabendo-lhe zelar pela equidade no sistema educativo regional, salvaguardando os interesses legítimos de todos os que o integram e dos respetivos utentes.

A IRE pugna pela qualidade do sistema educativo regional, designadamente através do planeamento e realização de inspeções e auditorias às unidades orgânicas, permitindo desta forma um acompanhamento próximo relativamente ao funcionamento e regularidade da atuação das unidades orgânicas.

Pretende-se que a IRE, além da fiscalização das unidades orgânicas e dos seus responsáveis, nas vertentes técnico-pedagógica, administrativo-financeira, orçamental e patrimonial e de recursos humanos, desenvolva uma vertente pedagógica e de prevenção de irregularidades, assumindo-se como uma inspeção moderna face aos desafios da Educação no século XXI.