No quadro das orientações definidas pelo Governo Regional, constituem atribuições do Fundo Regional de Coesão, entre outras as seguintes:
a) Colaborar na definição e execução de políticas de desenvolvimento na área da economia;
b) Apoiar financeiramente o abastecimento de bens e fornecimento de serviços de carácter essencial à população das diferentes ilhas;
c) Promover e apoiar financeiramente a instalação e apetrechamento de infra-estruturas de armazenagem de bens essenciais, designadamente na área dos combustíveis, nas ilhas onde estes investimentos, pela sua dimensão e pelas condições de mercado, não tenham viabilidade económica;
d) Apoiar financeiramente o serviço público de transporte aéreo e marítimo de passageiros e mercadorias inter-ilhas e as infra-estruturas e equipamentos necessários à realização destes serviços, designadamente aeródromos, aerogares e portos;
e) Apoiar financeiramente a implementação de contratos programa, no âmbito da promoção turística, dirigidos aos mercados externos, envolvendo parceiros públicos ou privados;
f) Colaborar com outras entidades na definição e execução da política de formação de preços;
g) Gerir o processamento e o pagamento dos apoios financeiros atribuídos ao abrigo dos sistemas de incentivos, de âmbito regional e nacional, da responsabilidade do departamento do governo com competência em matéria de economia;
h) Cooperar com outras entidades públicas ou privadas para o desenvolvimento e coesão económica da Região;
i) Cooperar com outras entidades, designadamente sob a forma de auxílio financeiro, na construção e recuperação de infra-estruturas de relevante interesse para o desenvolvimento e coesão económica.
O Fundo Regional de Coesão é dirigido por um conselho directivo, composto por um presidente e dois vogais.